อุทกภัยครั้งนี้ได้รับอิทธิพลจากฝนมรสุมมากอย่างไม่เคยมีมาก่อน[12] แผนที่ฝนตกผิดปกติซึ่งตีพิมพ์โดยนาซา แสดงให้เห็นฝนมรสุมหนาแน่นผิดปกติ อันคาดว่าเป็นผลจากปรากฏการณ์ลานีญา[13] วันที่ 21 มิถุนายน กรมอุตุนิยมวิทยาปากีสถานเตือนว่าอุทกภัยในเขตเมืองและน้ำป่าไหลหลากอาจเกิดขึ้นตั้งแต่เดือนกรกฎาคมถึงกันยายนทางตอนเหนือของประเทศ[14] กรมดังกล่าวได้บันทึกปริมาณน้ำฝนสูงกว่าปกติในเดือนกรกฎาคมและสิงหาคม พ.ศ. 2553[15] และเฝ้าระวังการเปลี่ยนรูปของคลื่นอุทกภัย (flood wave progression)[16] ปริมาณฝนตกนั้นเทียบได้กับเมื่อครั้งเกิดอุทกภัยเมื่อ พ.ศ. 2531, 2538 และ 2540[17] ปริมาณฝนฤดูมรสุมทั่วประเทศ พ.ศ. 2553 เกิน 87% และสูงที่สุดนับแต่ พ.ศ. 2537 และมากที่สุดเป็นอันดับสองในช่วงระยะเวลาห้าสิบปีหลังสุด[18]

บทความในนิวไซแอนทิสต์คาดว่าสาเหตุของปริมาณฝนผิดปกติเกิดขึ้นจาก "การแข็ง" ของลมกรด[19] ซึ่งเป็นปรากฏการณ์ที่ได้รับรายงานว่ายังเป็นสาเหตุของคลื่นความร้อนและไฟป่าในรัสเซียอย่างที่ไม่เคยมีมาก่อน เช่นเดียวกับอุทกภัยในสหราชอาณาจักร พ.ศ. 2550[20]

ในการรับมือกับอุทกภัยแม่น้ำสินธุใน พ.ศ. 2516 และ 2519 ที่ผ่านมา ปากีสถานได้แต่งตั้งคณะกรรมการอุทกภัยกลาง (FFC) ใน พ.ศ. 2520 FFC ดำเนินการภายใต้กำกับกระทรวงน้ำและพลังงานของปากีสถาน มีหน้าที่รับผิดชอบโครงการควบคุมอุทกภัยและคุ้มครองชีวิตและทรัพย์สินของชาวปากีสถานจากผลกระทบของอุทกภัย นับแต่ก่อตั้ง FFC ได้รับงบประมาณแล้ว 87,800 ล้านรูปีปากีสถาน (ราว 900 ล้านดอลลาร์สหรัฐ) เอกสาร FFC แสดงให้เห็นว่าหลายโครงการได้ริเริ่มขึ้น ได้รับการสนับสนุนงบประมาณและดำเนินการเสร็จสิ้นแล้ว แต่รายงานยังชี้ว่าแท้จริงแล้วมีการดำเนินการเพียงเล็กน้อยเพราะผู้นำไร้ประสิทธิภาพและการฉ้อราษฎร์บังหลวง[21]